Зоонозными данные инфекции называются в связи с тем, что источником заражения являются больные животные. Такие заболевания способны передаваться от животных к человеку, но, как правило, не передаются от больного человека к здоровому. Возбудителями зоонозных заболеваний могут быть бактерии, вирусы, риккетсии и грибы.
Изучение зоонозных инфекций является одним из важнейших направлений работы «Вектора». В частности, отдел зоонозных инфекций и гриппа занимается изучением гриппа птиц и животных и является Сотрудничающим центром ВОЗ по данному направлению. Сотрудники отдела осуществляют непрерывный мониторинг циркулирующих вирусов гриппа птиц и животных, проводят оценку их пандемического потенциала, занимаются разработкой противогриппозных вакцин. Кроме того, в задачи отдела входит изучение вирусов гриппа во время сезонных вспышек респираторных заболеваний и оценка уровня коллективного иммунитета населения к актуальным вирусам гриппа.